減少が目立つ漁業種の中には、絶滅が心配されるものもある。ニホンウナギやヨーロッパウナギ、アメリカウナギはともに国際自然保護連合（ＩＵＣＮ）によって、絶滅の恐れがある種とされている。
中でもヨーロッパウナギは３ランクの中で最も絶滅危険度が高い種だ。高級トロの材料となるミナミマグロ、大西洋と太平洋のクロマグロ、比較的価格が安く日本人が大量に食べているメバチマグロも絶滅危惧種とされている。
フカヒレ目当ての乱獲が深刻なサメの仲間も近年、多くが絶滅危惧種リストに加わり、漁獲量を減らすべきだとの声が高まっているし、２０１５年にはマンボウもＩＵＣＮによって、絶滅危惧種とされた。
ウナギやクロマグロ、ミナミマグロは日本が世界最大の消費国で、漁獲量も多い。「資源保護の責任は大きい」と大量消費の見直しを求める声が内外から上がっている。
감소가 눈에 띄는 어업종안에는, 멸종이 걱정되는 것도 있다.니혼우나기나 유럽 뱀장어, 미국 뱀장어는 함께 국제자연보호연합(IUCN)에 의해서, 멸종의 우려가 있다 종으로 되어 있다.
그 중에서도 유럽 뱀장어는 3 랭크 중(안)에서 가장 멸종 위험도가 비싼 종이다.고급 다랑어의 재료가 되는 미나미마그로, 대서양과 태평양의 흑다랑어, 비교적 가격이 싸게 일본인이 대량으로 먹고 있는 메바치마그로도 멸종 위구심종으로 되어 있다.
상어 지느러미 목적의 난획이 심각한 상어의 동료도 근년, 대부분이 멸종 위구심종 리스트에 참가해, 어획량을 줄여야 한다는 소리가 높아지고 있고, 2015년에는 맘보도 IUCN에 의해서, 멸종 위구심종으로 여겨졌다.